ソメイヨシノはほぼ種子ができない、それは結果として事実ですが、これは前述の「自家不和合性」によるもので、子孫を残す能力が失われているという訳ではないのでしょう。なにしろ、ソメイヨシノは全てクローンですから、たくさん林立していようとも同じDNAなので「自家不和合性」が発動してしまいます。別種とのハイブリッドなら種子はできることになりますが、それは、その段階でソメイヨシノではないことになります。

ソメイヨシノの研究が進み、交雑親はエドヒガン（母種）とオオシマザクラ（父種）と確定した（2007年）のだそうです。
　ただし、確定という「説」である可能性もあり、SSRを比較する手法に依ると、交雑親はエドヒガンザクラ（母種）とオオシマザクラとヤマザクラの交雑種（父種）とする認識が、最も新しいDNA解析による説です。
　さて、ここで問題となっているのが、韓国の済州島に産する王桜とソメイヨシノの混同です。例えば、「王桜のソメイヨシノ起源説」、「アメリカのポトマック河畔（ワシントンD.C.）にある桜並木のサクラは韓国産」とする誤解が、あたかも本当のこととして流布されていたりします。オオシマザクラは日本固有種ですから、その交雑種が済州島に『自生』していることは、科学的にあり得ないことなのですが、そのように信じられているのだそうです。
　王桜とソメイヨシノは既にDNA分析の結果、別種であると分かっている（2007年、2011年）のに、現在でも、韓国では余り状況が変わっていないとのこと。不思議な現象ですね。

もう一歩補足すると、京都大学グループの研究（1996年）で「交雑親の母親がエドヒガンであること」が確定したのですが、葉緑体にあるDNAに「母方からのみ遺伝する」という特徴があることを利用して、ソメイヨシノとエドヒガンの葉緑体DNAは一致することを確認したものです。
　森林総合研究所グループの研究（2014年）ソメイヨシノのDNA分析を行い、DNAの塩基配列に存在する「配列の特徴的な繰り返し」からDNAの由来に注目をした研究により、エドヒガン47％、オオシマザクラ37％、ヤマザクラ11％、その他5％という交雑割合になっていると発表されました。考え方として、ソメイヨシノの母方はエドヒガン、もう父方はオオシマザクラとヤマザクラが交雑種という推測が成り立つことになります。
　因みに、韓国の王桜（エイシュウザクラ）はエドヒガンとオオヤマザクラの種間雑種（C. x nudiflora）であることも発表され、研究成果は2016年12月22日にTaxon誌でオンライン公開されたそうです。

【参考プレスリリース】‘染井吉野’など、サクラ種間雑種の親種の組み合わせによる正しい学名を確立（PDF：328KB）